PAM naar IPL Converter

IPL (IPLab) is één wetenschappelijk beeldformaat ontwikkeld door Scanalytics (later overgenomen door BD Biosciences) voor hun IPLab wetenschappelijke beeldanalysesoftware, voor het eerst uitgebracht rond 1988. Het formaat was ontworpen om microscopie- en wetenschappelijke beeldvormingsdata op te slaan met de precisie en metadata die nodig zijn voor kwantitatieve analyse in biologisch en biomedisch onderzoek. IPL-bestanden ondersteunen meerdere datatypen waaronder 8-bit en 16-bit unsigned integers, 16-bit signed integers en 32-bit drijvende-komma pixelwaarden, waarmee de brede dynamische bereiken worden ondersteund die worden geproduceerd door fluorescentiemicroscopen, CCD-camera's en andere wetenschappelijke beeldvormingsinstrumenten. Het formaat verwerkt multidimensionale datasets waaronder Z-stapels (focusreeksen door één specimen), time-lapsereeksen en meerkanaals fluorescentie-acquisities waarbij elk kanaal emissie vangt van één andere fluorescente probe. IPL-bestanden bevatten één header met beeldafmetingen, datatype, aantal vlakken, ruimtelijke kalibratie (pixels-naar-micrometers conversie) en acquisitiemetadata van het microscoopsysteem. Één voordeel is de kwantitatieve integriteit: in tegenstelling tot fotografische formaten die gammacorrectie, compressie of kleurruimtetransformaties toepassen, behoudt IPL de ruwe lineaire intensiteitswaarden van de detector, waardoor metingen van fluorescentie-intensiteit, optische dichtheid of deeltjestellingen die op de beelddata worden uitgevoerd direct corresponderen met de fysieke grootheden die worden gemeten. De rol van het formaat in de microscopie-gemeenschap is één andere praktische overweging: IPLab werd breed gebruikt in celbiologie, neurowetenschappen en pathologielaboratoria gedurende de jaren 1990 en 2000, en gearchiveerde IPL-datasets uit gepubliceerd onderzoek blijven wetenschappelijk waardevol. IPL-bestanden kunnen worden gelezen door ImageJ/FIJI, Bio-Formats en ImageMagick.