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IPLをSIXELへ変換する方法

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フォーマットについて

IPL(IPLab)は、Scanalytics(後にBD Biosciencesに買収)が開発した科学画像フォーマットで、1988年頃に最初にリリースされたIPLab科学画像解析ソフトウェア向けに設計されました。このフォーマットは、生物学および生物医学研究における定量分析に必要な精度とメタデータを備えた顕微鏡および科学イメージングデータの格納を目的としていました。IPLファイルは8ビットおよび16ビット符号なし整数、16ビット符号付き整数、32ビット浮動小数点ピクセル値を含む複数のデータ型をサポートし、蛍光顕微鏡、CCDカメラ、およびその他の科学イメージング機器が生成する広いダイナミックレンジに対応します。このフォーマットはZスタック(試料を通過する焦点シリーズ)、タイムラプスシーケンス、各チャンネルが異なる蛍光プローブからの発光を捉えるマルチチャンネル蛍光取得を含む多次元データセットを扱います。IPLファイルには画像寸法、データ型、プレーン数、空間校正(ピクセル-マイクロメートル変換)、顕微鏡システムからの取得メタデータを含むヘッダーが含まれています。IPLの利点の一つは定量的完全性です。ガンマ補正、圧縮、または色空間変換を適用する写真フォーマットとは異なり、IPLは検出器からの生の線形強度値を保持するため、画像データに対して行われる蛍光強度、光学密度、粒子数の測定が測定されている物理量に直接対応することが保証されます。顕微鏡コミュニティにおける役割もまた実用的な考慮事項です。IPLabは1990年代から2000年代にかけて細胞生物学、神経科学、病理学の研究室で広く使用されており、公開された研究のアーカイブIPLデータセットは科学的に貴重な価値を持ち続けています。IPLファイルはImageJ/FIJI、Bio-Formats、ImageMagickで読み取ることができます。
開発元: Scanalytics
初回リリース: 1988
SIXEL(Six Pixel)は、1983年にプリンターおよびビデオターミナル上で画像をレンダリングするためにDigital Equipment Corporation(DEC)が作成したビットマップグラフィックスエンコーディングフォーマットです。名称はエンコーディングの基本単位に由来します。単一のASCII文字で表現される6ピクセルの垂直列です。sixelデータストリームの各印刷可能文字(ASCII 63〜126)は6ピクセルの垂直列をエンコードし、文字のバイナリ値がどのピクセルがオンまたはオフであるかを決定します。色はレジスタベースのパレット制御を通じて指定されます。Select Color SequenceがHLSまたはRGBカラー値を番号付きレジスタに割り当て、後続のsixel文字は別のレジスタが選択されるまでその色を使用します。エンコーディングはピクセルアスペクト比と画像寸法を指定するラスター属性、同一列のランレングス圧縮のためのリピートシーケンス(!に続くカウントと文字)、sixelグリッドをナビゲートするための$(キャリッジリターン)と-(改行)をサポートしています。DECはVT240、VT241、VT330、VT340ターミナルおよび複数のプリンターモデルにSIXELサポートを実装しました。SIXELエンコーディングの利点の一つはASCIIクリーンな性質です。データストリームは完全に印刷可能文字と標準的な制御シーケンスで構成されているため、SIXELグラフィックスはあらゆるテキストベースの通信チャンネル — シリアルターミナル、SSHセッション、telnet接続 — をバイナリセーフトランスポートやプロトコル変更なしに送信できます。フォーマットの現代における復活もまた注目すべき側面です。数十年の無名の期間を経て、SIXELサポートは多数の現代ターミナルエミュレーターに実装され、コマンドラインワークフローでのインライン画像表示を可能にしています。SIXEL出力はImageMagick、libsixel、chafa、および各種プロッティングライブラリで生成できます。
初回リリース: 1983