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IPLをSGIへ変換する方法

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フォーマットについて

IPL(IPLab)は、Scanalytics(後にBD Biosciencesに買収)が開発した科学画像フォーマットで、1988年頃に最初にリリースされたIPLab科学画像解析ソフトウェア向けに設計されました。このフォーマットは、生物学および生物医学研究における定量分析に必要な精度とメタデータを備えた顕微鏡および科学イメージングデータの格納を目的としていました。IPLファイルは8ビットおよび16ビット符号なし整数、16ビット符号付き整数、32ビット浮動小数点ピクセル値を含む複数のデータ型をサポートし、蛍光顕微鏡、CCDカメラ、およびその他の科学イメージング機器が生成する広いダイナミックレンジに対応します。このフォーマットはZスタック(試料を通過する焦点シリーズ)、タイムラプスシーケンス、各チャンネルが異なる蛍光プローブからの発光を捉えるマルチチャンネル蛍光取得を含む多次元データセットを扱います。IPLファイルには画像寸法、データ型、プレーン数、空間校正(ピクセル-マイクロメートル変換)、顕微鏡システムからの取得メタデータを含むヘッダーが含まれています。IPLの利点の一つは定量的完全性です。ガンマ補正、圧縮、または色空間変換を適用する写真フォーマットとは異なり、IPLは検出器からの生の線形強度値を保持するため、画像データに対して行われる蛍光強度、光学密度、粒子数の測定が測定されている物理量に直接対応することが保証されます。顕微鏡コミュニティにおける役割もまた実用的な考慮事項です。IPLabは1990年代から2000年代にかけて細胞生物学、神経科学、病理学の研究室で広く使用されており、公開された研究のアーカイブIPLデータセットは科学的に貴重な価値を持ち続けています。IPLファイルはImageJ/FIJI、Bio-Formats、ImageMagickで読み取ることができます。
開発元: Scanalytics
初回リリース: 1988
SGIは、Silicon Graphics Imageフォーマットの汎用ファイル拡張子で、チャンネル固有の拡張子として.rgb(3チャンネル)、.rgba(4チャンネル)、.bw(グレースケール)、.int/.inta(16ビットバリアント)もあります。1986年頃にSilicon GraphicsがIRIXオペレーティングシステム向けに開発したSGIフォーマットは、512バイトのヘッダーに続いてプレーナー画像データを使用し、各カラーチャンネルは各ピクセルで他のチャンネルとインターリーブされるのではなく、完全なプレーンとして格納されます。ヘッダーはマジックナンバー(474)、圧縮モード(0は非圧縮、1はRLE)、チャンネルあたりバイト数(1または2)、次元数(スキャンラインは1、画像は2、マルチチャンネル画像は3)、チャンネル寸法、ピクセル値範囲、80文字の画像名を指定します。RLE圧縮画像の場合、ヘッダーの後にオフセットと長さのテーブルが続き、シーケンシャルな展開なしに個々のスキャンラインへのランダムアクセスを可能にします。Silicon Graphicsワークステーションは1990年代を通じてハリウッドのビジュアルエフェクト、科学的可視化、フライトシミュレーション、CAD/CAM産業の基盤であり、SGIフォーマットはこれらの分野全体の標準ワーキングフォーマットでした。SGIの利点の一つは堅牢な設計です。スキャンライン単位でアドレス可能なRLE圧縮、マルチチャンネルサポート、16ビット深度機能、プレーナーレイアウトの組み合わせにより、クイックプレビュー表示とプロダクションレンダリング出力の両方に等しく適しています。SGI搭載のビジュアルエフェクト黄金時代との関連もまた注目すべき側面です — この時代のSGIファイルは画期的な映画や科学的可視化のプロダクションアセットです。SGI画像はImageMagick、GIMP、XnView、Photoshop(プラグイン経由)、および各種3Dレンダリング・合成アプリケーションでサポートされています。
開発元: Silicon Graphics
初回リリース: 1986