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IPLをXVへ変換する方法

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フォーマットについて

IPL(IPLab)は、Scanalytics(後にBD Biosciencesに買収)が開発した科学画像フォーマットで、1988年頃に最初にリリースされたIPLab科学画像解析ソフトウェア向けに設計されました。このフォーマットは、生物学および生物医学研究における定量分析に必要な精度とメタデータを備えた顕微鏡および科学イメージングデータの格納を目的としていました。IPLファイルは8ビットおよび16ビット符号なし整数、16ビット符号付き整数、32ビット浮動小数点ピクセル値を含む複数のデータ型をサポートし、蛍光顕微鏡、CCDカメラ、およびその他の科学イメージング機器が生成する広いダイナミックレンジに対応します。このフォーマットはZスタック(試料を通過する焦点シリーズ)、タイムラプスシーケンス、各チャンネルが異なる蛍光プローブからの発光を捉えるマルチチャンネル蛍光取得を含む多次元データセットを扱います。IPLファイルには画像寸法、データ型、プレーン数、空間校正(ピクセル-マイクロメートル変換)、顕微鏡システムからの取得メタデータを含むヘッダーが含まれています。IPLの利点の一つは定量的完全性です。ガンマ補正、圧縮、または色空間変換を適用する写真フォーマットとは異なり、IPLは検出器からの生の線形強度値を保持するため、画像データに対して行われる蛍光強度、光学密度、粒子数の測定が測定されている物理量に直接対応することが保証されます。顕微鏡コミュニティにおける役割もまた実用的な考慮事項です。IPLabは1990年代から2000年代にかけて細胞生物学、神経科学、病理学の研究室で広く使用されており、公開された研究のアーカイブIPLデータセットは科学的に貴重な価値を持ち続けています。IPLファイルはImageJ/FIJI、Bio-Formats、ImageMagickで読み取ることができます。
開発元: Scanalytics
初回リリース: 1988
XVは、ニューメキシコ大学で1990年頃に生まれたKhoros科学画像処理環境の一部としてKhoral Researchが開発したVIFF(Visualization Image File Format)の代替ファイル拡張子です。.xv拡張子と.viff拡張子は同一の基礎フォーマットを指します — 画像寸法、データ型(シングルビットから倍精度浮動小数点および複素数まで)、色空間、バンド数、オプションの空間位置メタデータをエンコードする1024バイトのヘッダーに続いて、カラーマップデータとピクセル値が格納されるコンテナです。XV拡張子はKhorosが他のX Window Systemツールと並んでインストールされたシステムで一般的になり、一部の研究コミュニティでは.viffよりも短い代替として.xvが好まれました。Khoros自体は先駆的なビジュアルプログラミングシステムであり、科学者がグラフィカルキャンバス上で処理ノードを配線して画像処理パイプラインを組み立てていました — MATLAB、LabVIEW、および商用リモートセンシングパッケージの類似環境に先行し影響を与えたアプローチです。VIFF/XVフォーマットの利点の一つは、科学的な精度レベルでデータを格納できる能力です — 浮動小数点および複素数ピクセル値は、8ビットまたは16ビット整数に限定された写真フォーマットでは失われる測定精度を保持し、スペクトル分析、計算物理学出力、衛星画像にとって価値があります。マルチバンドアーキテクチャもまた強みであり、マルチスペクトルまたはハイパースペクトルセンサーからの数十のスペクトルチャンネルを複数ファイルに分割することなく単一ファイルに保持できます。XVファイルはImageMagickでサポートされており、可視化や出版のためにモダンな画像フォーマットに変換できます。
開発元: Khoral Research
初回リリース: 1990