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VIFF（Visualization Image File Format）は、1990年頃に画像処理およびデータ可視化のためのKhorosビジュアルプログラミング環境とともに登場した、Khoral Research（元はニューメキシコ大学）が開発した科学画像フォーマットです。VIFFファイルは1024バイトのヘッダー、オプションのカラーマップデータ、画像データ自体を使用し、ヘッダーにはデータ格納型（ビット、バイト、short、integer、float、double、complex）、データエンコーディング（なし、CCITT Group 3/4）、色空間モデル（なし、汎用、RGB、HSI、CMYKなど）、任意のバンド数を持つマルチバンド（マルチチャンネル）画像のサポートなどの詳細な仕様が含まれています。フォーマットは1次元信号、2次元画像、3次元ボリューム、位置データ（疎ピクセル座標）に対応し、単純な画像格納を超えた汎用性を備えています。VIFFはKhoros/VisiQuestビジュアルデータフローのプログラミング環境向けに設計されました。ユーザーはグラフィカルキャンバス上で処理ノードを接続して画像処理パイプラインを構築します — 後のAVS、MATLAB Simulink、LabVIEWなどのシステムに影響を与えたアプローチです。VIFFの利点の一つは科学データの忠実度です。VIFFは科学計算で使用される全範囲の数値型（複素数や倍精度浮動小数点を含む）をサポートし、マルチバンドデータセットをネイティブに格納し、校正メタデータを搬送します — リモートセンシング、医療画像処理、スペクトル分析アプリケーションにおいて、汎用画像フォーマットでは情報が失われる場面に適しています。Khorosビジュアルプログラミングパラダイムとの関連もまた注目すべき側面です — VIFFは科学画像分析のための最も影響力のある初期のビジュアルプログラミング環境の一つにおける標準I/Oフォーマットでした。VIFFファイルはImageMagickおよびレガシーKhoros/VisiQuestインストレーションで読み取れます。
IPL（IPLab）は、Scanalytics（後にBD Biosciencesに買収）が開発した科学画像フォーマットで、1988年頃に最初にリリースされたIPLab科学画像解析ソフトウェア向けに設計されました。このフォーマットは、生物学および生物医学研究における定量分析に必要な精度とメタデータを備えた顕微鏡および科学イメージングデータの格納を目的としていました。IPLファイルは8ビットおよび16ビット符号なし整数、16ビット符号付き整数、32ビット浮動小数点ピクセル値を含む複数のデータ型をサポートし、蛍光顕微鏡、CCDカメラ、およびその他の科学イメージング機器が生成する広いダイナミックレンジに対応します。このフォーマットはZスタック（試料を通過する焦点シリーズ）、タイムラプスシーケンス、各チャンネルが異なる蛍光プローブからの発光を捉えるマルチチャンネル蛍光取得を含む多次元データセットを扱います。IPLファイルには画像寸法、データ型、プレーン数、空間校正（ピクセル-マイクロメートル変換）、顕微鏡システムからの取得メタデータを含むヘッダーが含まれています。IPLの利点の一つは定量的完全性です。ガンマ補正、圧縮、または色空間変換を適用する写真フォーマットとは異なり、IPLは検出器からの生の線形強度値を保持するため、画像データに対して行われる蛍光強度、光学密度、粒子数の測定が測定されている物理量に直接対応することが保証されます。顕微鏡コミュニティにおける役割もまた実用的な考慮事項です。IPLabは1990年代から2000年代にかけて細胞生物学、神経科学、病理学の研究室で広く使用されており、公開された研究のアーカイブIPLデータセットは科学的に貴重な価値を持ち続けています。IPLファイルはImageJ/FIJI、Bio-Formats、ImageMagickで読み取ることができます。