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フォーマットについて
JFIは、JPEG File Interchange Format（JFIF）で格納された画像の代替ファイル拡張子で、JPEG圧縮写真画像の標準ファイルフォーマットです。JFIファイルは標準的なJPEGファイルとバイト単位で同一であり、拡張子は単に一部の初期アプリケーションやオペレーティングシステムがJPEG/JFIF画像を識別するために使用したあまり一般的でないバリアントにすぎません。基礎となるJFIF仕様は1991年にC-Cube MicrosystemsのEric Hamiltonによって公開され、JPEG圧縮画像データが特定のマーカーセグメントを持つファイルにどのようにパッケージされるかを定義しています。SOI（Start of Image）マーカー、JFIF識別文字列・バージョン番号・ピクセル密度情報・オプションのサムネイルを含むAPP0マーカー、その後に量子化テーブル、ハフマンテーブル、エントロピー符号化スキャンデータで構成されるJPEGデータストリームが続きます。JFIファイルは任意の解像度で8ビットグレースケールおよび24ビットYCbCrカラー画像をサポートし、品質は圧縮時に選択される量子化テーブル値によって制御されます。ロッシーDCTベース圧縮は写真コンテンツに対して10:1から20:1の典型的な圧縮率を最小限の可視アーティファクトで達成しますが、高圧縮ではJPEGに特徴的なブロッキングおよびリンギングパターンが生じます。JFI/JFIF仕様の利点の一つは普遍的な相互運用性です。ファイル構造と色空間規則（特定のCCIR 601変換係数によるYCbCr）を標準化することにより、JFIFはJPEG画像がアプリケーションやプラットフォーム間で色のずれやデコード失敗なく交換できることを保証しました。完全なソフトウェア互換性もまた実用的な強みです — JFIファイルは使用されるファイル拡張子に関係なく標準的なJPEGデータであるため、これまでに作られたすべての画像ビューアー、ブラウザ、エディタで開くことができます。
IPL（IPLab）は、Scanalytics（後にBD Biosciencesに買収）が開発した科学画像フォーマットで、1988年頃に最初にリリースされたIPLab科学画像解析ソフトウェア向けに設計されました。このフォーマットは、生物学および生物医学研究における定量分析に必要な精度とメタデータを備えた顕微鏡および科学イメージングデータの格納を目的としていました。IPLファイルは8ビットおよび16ビット符号なし整数、16ビット符号付き整数、32ビット浮動小数点ピクセル値を含む複数のデータ型をサポートし、蛍光顕微鏡、CCDカメラ、およびその他の科学イメージング機器が生成する広いダイナミックレンジに対応します。このフォーマットはZスタック（試料を通過する焦点シリーズ）、タイムラプスシーケンス、各チャンネルが異なる蛍光プローブからの発光を捉えるマルチチャンネル蛍光取得を含む多次元データセットを扱います。IPLファイルには画像寸法、データ型、プレーン数、空間校正（ピクセル-マイクロメートル変換）、顕微鏡システムからの取得メタデータを含むヘッダーが含まれています。IPLの利点の一つは定量的完全性です。ガンマ補正、圧縮、または色空間変換を適用する写真フォーマットとは異なり、IPLは検出器からの生の線形強度値を保持するため、画像データに対して行われる蛍光強度、光学密度、粒子数の測定が測定されている物理量に直接対応することが保証されます。顕微鏡コミュニティにおける役割もまた実用的な考慮事項です。IPLabは1990年代から2000年代にかけて細胞生物学、神経科学、病理学の研究室で広く使用されており、公開された研究のアーカイブIPLデータセットは科学的に貴重な価値を持ち続けています。IPLファイルはImageJ/FIJI、Bio-Formats、ImageMagickで読み取ることができます。